Jürgen Bajorath erhielt ein Diplom in Biochemie und promovierte in Strukturbiologie (1988) bei Wolfram Saenger an der Freien Universität in West-Berlin. Er war Postdoc bei Arnie Hagler am Biosym Technol./Agouron Inst. in San Diego, wo er begann, sich mit computergestützter Chemie und Wirkstoffdesign zu beschäftigen. Von 1990 bis 2004 war Jürgen Bajorath am Bristol-Myers Squibb Pharmaceutical Research Institute, bei New Chemical Entities und an der University of Washington in Seattle tätig. Im Jahr 2004 wurde Jürgen Bajorath zum Professor und Lehrstuhlinhaber für Biowissenschaftsinformatik an der Universität Bonn ernannt. Er ist weiterhin als Affiliate Professor an der University of Washington (Dep. of Biological Structure) tätig. Seine Forschungsschwerpunkte sind Chemieinformatik, maschinelles Lernen und die Entwicklung von Berechnungsmethoden für die Arzneimittelforschung. Er wurde 2015 mit dem Herman Skolnik Award und 2018 mit dem National Award for Computers in Chemical and Pharmaceutical Research der American Chemical Society ausgezeichnet.